更新日志

v0.19.6 — 2026-09-02 "更广的检索网"

• 检索召回增强。候选池扩大——改写轮每 query 4→8、主轮 6→12；召回实验显示相当一部分检索失败源于候选池太小，而非索引覆盖缺失。

v0.19.5 — 2026-09-02 "LLM 兜底链"

• 推理层抗供应商故障。主推理服务连接失败时，Kairos 自动切换到自有的 Mac 本地 MLX 模型（经私有隧道服务），并在报告中如实标注实际应答的模型（llm:kairos-local-mlx (fallback)）——溯源覆盖到推理层本身。

v0.19.4 — 2026-09-01 "答案先行"

• 答案先行。报告合成现在开门见山直接回答所问的问题（带引用），而不是围绕问题讨论；宣布“无证据”前必须先重读全部来源范围。这一改动来自失败归因分析——“讨论了但从未直接回答”是可回答类失败的主要来源。

v0.19.3 — 2026-09-01 "假设质量：CORE-ANCHOR + 更公平的裁决"

• 假设必须点名所问。假设生成加入 CORE-ANCHOR 硬规则——每条假设必须点名问题所涉及的实体、机制或对比；泛化的模板式假设会被程序化过滤并重试。盲评 A/B 中新提示词以显著优势胜出。
• 更公平的裁决。裁决标准重新校准：“supported”＝证据在方向上支撑核心主张即可（不要求具体数字或实验协议命中）；“insufficient”收窄为证据完全无关或为零。

v0.19.1 — 2026-08-31 "跨轮世界模型记忆"

• 已验证的结论跨轮保留。早前轮次已裁决的假设会快照进会话：同一假设不再重复验证，其判定带入后续报告——追问建立在已定的地基上，而不是每轮从零开始。记忆存于进程内存，与会话本身同一隐私等级。
• 假设事件落盘持久化（提出/验证/复用计数进入事件流），供监控消费；同期清理了计划卡文案口径（v0.19.2）。

v0.19.0 — 2026-08-29 "假设原生研究账本"

• 每份答案跑在假设账本上。研究问题被分解为显式的科学假设；每条假设独立检索、独立验证，报告为每条假设渲染一张验证卡——支持 / 有争议 / 未证实 / 证据不足——并附证据数量。
• 稀疏证据裁决 + 未溯源徽章。可用来源少于两个、或证据以非数值报道为主时，如实判“证据不足”，而非牵强裁决；无内联 [n] 引用的发现带警告徽章。
• 报告层围绕阅读重建。claim 条件化证据摘要与重排（flag 后置）；意见化发现标题；数值加粗；EVIDENCE/References 折叠；Build Plan 表移至尾部；否定式断言校准；报告语言跟随问题语言；双语追问选项；渲染输出剥离知识图谱标识噪音。

v0.18.5 — 2026-08-28 "聊天摘要 + 溯源清单"

• 答案先给摘要气泡。每份报告先渲染 1–2 屏聊天气泡摘要（关键发现、什么没用、构建计划、追问）；完整报告折叠，一键展开。
• 每份答案带溯源清单。来源去重后持久化为清单——按 PMID / DOI / 专利 / 知识图谱分组计数，逐源外链、被引数徽章、全文标记。

v0.18.2 — 2026-08-28 "Stop 按钮 + 硬时限"

• 可取消的运行。Stop 按钮可取消进行中的研究作业（流以 cancelled 终态收尾）；生成受硬时限约束，看门狗自动清理停滞作业。

v0.18.1 — 2026-08-28 "快速路径：秒级带引用应答"

• 已覆盖问题秒级应答。知识图谱与文献已覆盖的短问题跳过规划门，秒级给出带 [n] 引用的直答；强任务仍走完整管线；部署自检永远验证完整管线。
• 多查询改写。检索对问题做多路改写探测并去重合并，原问题兜底。

v0.18.0 — 2026-08-21 "三层对话路由"

• 对话接入三层路由。第 0 层：确定性闲聊，即时。第 1 层：快速对话模型（1–3 秒），同时判定是否需要研究——下一轮一句确认（要/好/开始）即带着原问题进入完整管线。第 2 层：强研究任务直接进。
• 双模型路由。重量级推理模型负责研究；快速模型负责对话与轻量子任务。无来源断言有兜底闭环：快速模型必须在既有证据池内补到引用，否则该断言被丢弃。

v0.17.2 — 2026-08-21 "审查层学会了说「宿主不对」"

• 跨宿主证据会被标记。拿大肠杆菌、酿酒酵母、CHO、HEK 或昆虫细胞的研究支撑毕赤论断，得到的是 WARN，而非静默接受。
• 过度断言检测。证据支撑不了的「确保」「证明」类强词判为 unsupported；更宽的蛋白名词表减少了假的目标错配。

v0.17.1 — 2026-08-14 "宿主相似度塌缩修复 + 面板双语"

• 长蛋白找回了分数。密码子对因子连乘塌缩曾把长蛋白的宿主相似度打到 0（HSA 全部候选 0.0，综合分随之归零）；因子改为 [0.5, 1.0] 奖励后，赢家的宿主相似度恢复。
• 制造面板跟随问题语言；排序赢家新增可制造性绝对地板（0.95）——保真度重排永远不会再给出一个造不出来的设计。

v0.17.0 — 2026-08-14 "精准发酵可制造性面板"

• 第五个面板——可制造性。每次 /research 的 dossier 现在都带下游工艺面板：发酵、DSP 序列、分步回收率（连乘）、与对标价的方向性成本（4 档平价）。每个数字带出处；绝对滴度/回收率/放大/清洁验证保持 WARN（须湿实验）。
• 设计现在是二维的。候选按「宿主保真度 × 总回收率」排序，一个保真度最高的胞内设计可能输给保真度略低但纯化成本低得多的分泌设计。

v0.16.2 — 2026-08-14 "蛋白名解析不再设计成错误的蛋白"

• 名字解析到正确的蛋白。“HSA” 过去依次解析成 Glycophorin-A、Afamin、FBF1，现在通过基因级查询与加权校验解析为白蛋白（P02768）。零置信度时诚实失败，不再为错误的蛋白设计。
• 线性审计后端重新上线。/research 现运行 build_dossier（D-099），按蛋白名提问即可生成排序设计面板；orchestrator 保留为回滚路径。

v0.16.1 — 2026-07-29 "source_db 分类标签不是数据库"

• 文档分类标签不是数据库。检索透明条的“数据来源”本会把 literature 这样的文档类别标签当成数据库名展示。新增 _library_name() 与 _NON_LIBRARY_SOURCE_DB 守卫让类别标签不再显示药丸，且没有真实数据库名时 source_dbs 字段直接省略。
• 在触达用户之前就已修掉。该缺陷在 KAIROS_RETRIEVAL_REPORT 尚未于生产开启时发现；已对真实检索服务验证（source_dbs: {"EuropePMC": 2}，命中数不变——错的只是归属标注），并新增 8 个测试锁定。

v0.16.0 — 2026-07-29 "检索透明：哪些库回答了、命中多少"

• 报告现在能说清检索到底做了什么。证据环节随附一份 retrieval_report：跑了几轮、哪些文献库回答了、各返回多少条。每个数字都是从检索器本来就解析的响应里数出来的——不新增网络调用，也不新增任何存储。
• “返回”与“保留”之间的差额如实呈现。无法给出可引用来源的段落会被丢弃——无来源即无论断——报告直接显示丢了多少，而不是把差额藏起来。多轮检索的计数按来源去重后累计，重复命中不会被重复计算。
• 没有就是没有。功能关闭时、或检索服务未给出库名时，该字段整个省略，网站会隐藏整条来源条——绝不显示编造的“0”或猜测的库名。隐私承诺一字未改：没有任何新数据落盘，“仅在内存中处理”依然成立。

v0.15.0 — 2026-07-29 "邮箱登录上线"

• 用邮箱登录。填入邮箱、收到 6 位验证码，直接进入对话。验证码 10 分钟有效、一次性使用、最多尝试 5 次，且只以哈希存储——验证码本身从不留存。
• 双向的滥用防护。按邮箱和按 IP 双重限流，拒绝一次性邮箱域名，日志只记哈希。登录邮件按请求方语言发送中文或英文。

v0.14.0 — 2026-07-28 "自然语言点名蛋白，就能拿到设计结果"

• 点名了蛋白的问题，现在真的会给出设计面板。确定性抽取器可识别 UniProt 编号，或从中英双语受控词表中识别出恰好一个蛋白，随后自动完成解析与设计，无需你另填字段。若一句话里出现多个不同蛋白，则一个都不选——绝不猜测。
• 问分泌，就给分泌前导。问及分泌或信号肽却没有指定前导时，默认采用 α-MF 这一常规首选，并在输出中列明其它可选项。你显式指定的蛋白或前导，始终优先于自动抽取的结果。

v0.13.0 — 2026-07-28 "闲聊得到回应，而不是一份研究报告"

• 一句问候不再触发完整研究流程。一道零大模型的确定性意图闸门可识别中英文的简短问候、致谢与“你是谁”类消息，在毫秒内给出对话式回应，而不是花两分钟生成一份关于信号肽的报告。
• 只要带有真实任务内容，仍然走完整流程。出现蛋白名、设计动词或序列——包括“你好，帮我设计 HSA”——一律照旧跑完整流水线。

v0.12.0 — 2026-07-28 "审稿开始追问：这条引用真的支持这个论断吗"

• 不只看引用是否存在，还看它是否支撑。对每一条已确认真实存在的引用，审稿层现在还会——完全确定性、不调用大模型——判断该来源是否合理支撑了论断：是否同一宿主、同一目标蛋白、同一类表达体系要素，以及措辞属于支持、部分支持还是相互矛盾。
• 矛盾会被指出，沉默不被判罚。关于毕赤酵母的论断却引用大肠杆菌研究、关于 HSA 的论断却引用 VRC01 研究，都会被标记而非静默放行。若双方都未提及宿主或目标，则不作任何标记——缺少信号从不被当作错误。每一行审计都附带简明的判定明细，可展开查看。
• 判定保持保守。所有支撑性问题——包括相互矛盾——一律为 WARN。FAIL 仅保留给唯一不存在歧义的情形：引用本身不存在。

v0.12.1 — 2026-07-28 "回答跟随提问的语言"

• 用中文提问，就得到中文回答。综述、策略、计划与待解问题现在均使用与提问相同的语言撰写。此前全英文的内部模板会让模型即使面对中文提问也倾向用英文作答。已在线上前后对比验证，并由测试锁定。

v0.11.0 — 2026-07-27 "结构面板亮起来了"

• 真实的三维结构，来自查询而非猜测。蛋白解析成功后，流水线会从 AlphaFold DB 取回其预测结构并送入工作台——结构面板显示的是公共数据库给出的置信度，而不是我们编造的数字。
• 结构环节绝不会拖垮整体。任何外部失败都降级为“无结构”，报告其余部分照常产出。没有结构时，面板直接如实说明，而不是摆一个占位的置信度数值。

v0.10.1 — 2026-07-27 "审稿后端归一，并且明说"

• 生产环境只有一条审稿路径。公开研究端点现在只有唯一的审稿后端，因此你在审计面板看到的内容始终来自同一条代码路径。旧的编排器路径仅作为回滚选项保留，一旦启用会在日志中明确标注。

v0.10.0 — 2026-07-27 "跨宿主证据会被标出"

• 首批支撑性核验落到审稿层。关于毕赤酵母的论断若由其它宿主的研究支撑，会被标为跨宿主证据；论断措辞与所引来源几乎无重合，则标为支撑薄弱——两者均为确定性判断、且只出 WARN。信号不足以判断的论断不作标记。

v0.9.0 — 2026-07-27 "运行信号不再随重启丢失"

• 健康计数不再随进程消失。完成/失败任务数与近期错误历史会持久化并在启动时恢复，因此公开健康端点反映的是真实的累计历史，而不仅是当前进程的存活时长。状态文件损坏时会退回全新起点，绝不影响服务本身。
• 告警基于真实阈值触发。连续任务失败与每小时错误率升高会触发明确告警，重启后依然有效，成功后自动复位。

v0.8.0 — 2026-07-26 "排在第一的方案，一定造得出来"

• 候选不只是被排序，还会被修复。每一条生成的编码序列都会经过一轮同义密码子修复，在不改变所编码蛋白、也不引入新问题的前提下清除限制性酶切位点与禁用基序。无法修复的位点会在备注中如实点名，而不是悄悄留着。
• 可合成性现在优先于纸面最优。带有合成阻断项的候选排在所有可合成候选之后——供应商真能合成的次优方案，胜过下单即失败的“最优”方案。两项改动均通过重算基准基线来确认，赢家确实发生了变化。

v0.7.0 — 2026-07-26 "排序开始正视合成阻断项"

• 下不了单的方案不配称第一。合成阻断项现在在整个候选池范围内参与比较，而非仅在同一层内比较——正是后者曾让带阻断项的方案排到最前。在基准集上，两个蛋白的首选方案因此改变，代价也如实写明：其中一个蛋白为了可合成性牺牲了宿主相似度。

v0.6.1 — 2026-07-26 "审稿看得懂模型真实的引用写法"

• 括号式引用现在能被识别。生产环境的模型以 (PMID:…) 形式给出来源，而非方括号编号，导致真正有证据支撑的论断被误判为无来源推理——更严重的是，这种写法下的杜撰引用对审稿层是不可见的。现在两种引用写法都会被读取，杜撰检查得以真正覆盖这些论断。

v0.6.0 — 2026-07-26 "每项新能力都带开关发布"

• 新能力默认关闭发布。自本版本起，每项新功能都由各自的开关控制，且初始为关闭状态——合入代码与对用户开启，从此是两个独立决策。默认部署的行为与上一版本完全一致。
• 多轮证据检索、对话记忆与论断层。首轮检索留有缺口时，研究路径可进行多轮检索；对话可跨轮次携带上下文；推理以带来源的显式论断形式输出——这正是审计层得以成立的基础。

v0.5.0 — 2026-07-24 "审稿 + 产物在 /research 上真正生效"

• 审稿层在公开 /research 上生效。v0.4.0 引入的 Reviewer 现已在公开路径上实时运行:逐条推理论断与检索证据、设计数字交叉核验,输出 PASS/WARN/FAIL 判定,附逐条接地与证据引用。已在线上端点端到端验证(判定 PASS、4 条论断、12 个引用来源)。
• 可审计产物。流水线输出重构为显式的 论断 → 证据 → 核验 轨迹——可追溯的溯源,而非仅是叙述。
• Reviewer 2.1 影子模式。下一代 Reviewer 以非改写的影子模式并行运行;绝不改动线上判定。
• 诚实边界不变:Kairos 仍是排序干实验设计质量(蛋白内宿主保真度,ρ≈+0.35)。Reviewer 核验可溯源性与一致性——而非科学真伪。不预测绝对表达量/滴度。

v0.4.0 — 2026-07-09 "可审计研究工作台 + 专利情报"

• 自动审稿层（Reviewer）。/research 走 检索→解析→设计→推理→审稿→产物。核验引用可溯源、数字一致性、论断接地→判定 PASS/WARN/FAIL。逐条 claim 审计表在 chat 前端渲染。
• 专利情报产品面。evolrix.bio/patent-brief：双语落地页 + 异步任务→PDF + 询价表单。阿里云 always-on。
• 研究文章按时间倒序；kairos-reviewer-layer 案例发布（附 PubMed 核验的参考文献）。

v0.3.0 — 2026-07-01 "chat 体验：干净推理流 + 从蛋白名生成设计面板"

• 干净推理流。策略区显示结构化 dossier，非原始 token 流。<think> 标签剥离。
• 过期缓存清理。加载时清除 localStorage 中的过时对话。
• 目标蛋白输入。发送蛋白名或 UniProt 编号解锁设计面板（经 UniProt REST API 解析）。

v0.2.1 — 2026-07-01 "目标蛋白解析"

• UniProt 名→序列解析。target_protein 接受名称或编号，解析为 Swiss-Prot 已审核序列。解析失败→诚实跳过设计，绝不编造。

v0.2.0 — 2026-07-01 "宿主保真 reward + 干净推理"

• 宿主感知检索重排。修复偏靶证据（通用启动子查询 0/6→4/6 命中）。
• 蛋白内 reward 重校准。CAI 0.45 + genome-LM 0.45。蛋白内真实滴度 ρ +0.169→+0.314。
• 防作弊宿主保真护栏。大肠杆菌密码子表优化器不再能击败诚实 Pichia（5/5）。
• 设计面板的宿主保真排序器。ρ +0.35（约 2.7× 旧 Pareto 面板）。
• U3 RL 线作为严格零结果关闭——持久价值落在了 reward 里。

v0.1.0 — 基线 "可解释的 Pichia CDS 设计"

• 模块化候选设计栈：CDS 校验、宿主感知同义面板、可制造性/宿主相似度/5′起始/可开发性评分卡、分泌信号肽融合、研究副驾（三层溯源）、异步任务 + SSE。