探寻生物制造的热力学极限

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基于 AlphaFold DB结构预测 Boltz-2折叠置信度筛查 PubMed文献检索与引用 NCBI序列数据源

方法

从问题到设计——一条干实验闭环

Kairos 如今以干实验闭环运行“设计—构建—测试—学习”循环。每个环节都声明自己的身份——检索到的证据、模型推理、或确定性工具。

01提问自然语言研究问题› 自然语言研究问题 — 例如:如何让细胞色素 c 在毕赤酵母中分泌表达?已上线
02检索带来源的可溯证据› 66,000+ 篇全文论文 · 每张证据卡带来源已上线
03设计确定性 CDS 与信号肽面板› 确定性 CDS 与信号肽面板 — 按构造保证正确已上线
04排序可重跑的宿主保真度评分› 宿主保真度 ρ ≈ +0.35 · 评分可重跑已上线
05审查每条论断自动审计——PASS / WARN / FAIL› 4 条论断 · 12 篇引用 · 判定 PASS(真实 dossier)已上线
06发酵湿实验验证闭合循环› 湿实验验证通过合作网络闭合合作中
ASK RETRIEVE DESIGN RANK REVIEW FERMENT DBTL PICHIA-SCOPED

产品

一个问题进来,一份可审计的报告出去

每次 Kairos 会话都以工作台报告收尾:可溯文献、排序设计面板、结构核验与逐条审计。下方演示重放已发表的细胞色素 c 运行——每个数字都真实。

kairos 工作台 · 实时报告
› 设计细胞色素 c 在毕赤酵母中的分泌表达构建体
研究计划
细胞色素 c 是高价值血红素蛋白——可溶性重组生产让功能研究无需分离线粒体。
信号肽兼容性
全细胞色素 c 分泌成熟
折叠与菌株工程
AOX1 表达盒优化
约 1–2 分钟开始执行 →
分泌信号肽兼容性🚫 未证实
分泌中全细胞色素 c 成熟🚫 未证实
分泌折叠与菌株工程🚫 未证实
AOX1 驱动表达盒优化🚫 未证实
证据太薄,Kairos 如实判「未证实」,而不是猜。
对话摘要
结论信号肽 + 宿主加权 CDS 设计就绪;12 个同义候选,host_weighted 胜出。
不利因素信号肽兼容性证据薄弱;四条假设均未证实。
94 条证据 · 12 个候选 · 判定 PASS · 2 个 WARN
在展示区查看 →
文献 方案 结构 制造 审计
94 条证据 · 6 轮检索 · EuropePMC 31 + 知识图谱 50 条保留
表达、折叠与分泌的协同优化
PMID:33494776 · P. pastoris 产 AppA 植酸酶
甲基营养酵母的异源蛋白生产进展
PMID:38730212 · 综述
K. phaffii 重组细胞因子
PMID:42113077 · 设计、生产与纯化
12 个同义候选 · 种子 42
#1host_weighted胜出复制 CDS
#2gc_balanced顶层复制 CDS
#3gc_balanced顶层复制 CDS
折叠置信度筛查
AlphaFold DB · 83 个残基 · 平均 pLDDT 91.2——高置信
pLDDT
分泌型构建体 · 补料分批 AOX1 甲醇诱导
离心 / 微滤(去细胞)0.90
UF-DF(超滤 / 换液)0.90
喷雾干燥0.85
总回收率(连乘)0.689
方向性 COGS $5–15/kg vs 基准 $5–50/kg · 处于平价区间
方向性干实验估计——绝对滴度与回收率仍需湿实验。
判定:PASS
7 条论断 · 94 个来源——5 PASS · 2 WARN
检索并引用 84 个领域来源证据 · EuropePMC/KGPASS
候选面板与确定性设计输出一致设计 · 确定性PASS
会话上下文陈述推理 · 无来源WARN
信号肽论断(P01149 / SUC2)目标不匹配WARN
Generated Files · 来源:EuropePMC ×31 · 知识图谱 ×50 · 逐条可打开

证据

公开且可重跑的数字

我们公开并可复算的干实验指标。完整方法见 /benchmarks/。

ρ ≈ +0.35

蛋白内宿主保真度 vs 实测滴度(Spearman · 28 个 PichiaCLM 变体、5 个蛋白)

分钟级

从研究问题到排序设计面板

100%

论断全部附文献——再经 PASS / WARN / FAIL 审计

完整指标与方法 → /benchmarks/

平台能力

Kairos 能做什么

  • 排序 Pichia 构建体的合成安全性与宿主相似性
  • 优化表达构建元件——学习到的效应吻合已知生物学(pCS1、ERO1/SBH1)
  • 评估 5′ 翻译起始与蛋白可开发性
  • 干实验结构检查——AlphaFold DB + Boltz-2 置信度
  • 每条论断都引用可打开核验的文献
  • 逐条审计论断——自动化 PASS / WARN / FAIL 判定
  • 评估下游可制造性——发酵工艺、DSP 回收与方向性成本,每个数字都有引用

针对毕赤酵母优化的端到端干实验设计——从带引用的证据到可审计、可下单的构建体。湿实验验证通过合作网络进行。完整边界声明 →

最新研究

确定性设计、可溯证据——Evolrix AI 团队近期发布。

查看全部研究

常见问题

团队关心的问题

Evolrix AI 是什么?

一家让合成生物学可计算的 AI 公司——大幅缩短从研究问题到可制造设计的路径。设计可证明为正确、评分可重跑、回答有文献依据。为追求“有据可溯,而非说服”的团队而建。

面向谁?

合成生物学、代谢工程与生物技术领域的工业研发团队——从早期设计到生产前验证。

现在能做什么?

Kairos v0.19.6(目前限定毕赤酵母):对话式研究——带引用的证据检索、大模型推理、带宿主保真度评分与表达构建优化(元件效应与已知生物学吻合:pCS1、ERO1/SBH1)的 CDS 候选排序面板、基于 AlphaFold DB 的三维蛋白结构查询、信号肽设计、下游「制造」面板(发酵工艺、DSP 序列、逐级回收率、方向性成本——每个数字都有引用)、假设驱动验证(每条假设都给出 支持 / 有争议 / 未证实 / 证据不足 的判定),以及邮箱登录——加上自动化审查层:每条论断都经 PASS / WARN / FAIL 判定,还会判断所引来源是否真的支撑该论断(是否同一宿主、同一目标,属支持还是矛盾)。正在扩展至更多宿主。

对话是怎么工作的?

用自然语言提出研究问题。闲聊即时回答,简单问题快速带引用回答,研究问题直接进入完整管线。Kairos 检索带引用的证据、用大模型推理、运行确定性设计工具,并把结果流式写入多面板工作台——文献、方案、结构、制造、审计——对话中先给 1–2 屏摘要,Generated Files 面板提供去重后的溯源清单(PMID / DOI / 专利 / 知识图谱,逐源外链)。每个部分都标注来源,审计面板给出逐条 PASS / WARN / FAIL 判定。

Kairos 的适用范围是什么?

Kairos 评估干实验设计质量——合成安全性、宿主相似性、表达构建优化、5′ 翻译起始与蛋白可开发性。表达量与滴度属于湿实验范畴,由湿实验数据回答。

带一个目标蛋白来。带一个排序设计面板走

数分钟,而非数周。每个构建体有评分,每条论断有引用。